O programa de protecção ambiental levado a cabo pela Lusoponte foi desenvolvido a uma escala nunca vista na Europa.  Os trabalhos de monitorização e vigilância preconizados pelo Estudo de Impacte Ambiental são desenvolvidos pelo Centro de Estudos de Monitorização Ambiental (CEMA) em colaboração com consultores externos especialistas nas diversas áreas objecto de estudo. As várias componentes em estudo contínuo por estes especialistas incluem a qualidade da água e do ar, a flora, a fauna marinha e das aves, a arqueologia, e a acústica, entre outros.

A Ponte Vasco da Gama atravessa 400 hectares das Salinas do Samouco, parcialmente abandonadas há muitos anos, que constituem uma importante área de nidificação para algumas espécies protegidas tais corno o Perna-Longa (Himantopus himantopus), a Andorinha-do-Mar-Anã (Sterna aíbifrons) e o Borrelho-de-Coleira-lnterrornpida (Charadrius alexandrinus).

Como parte do seu compromisso para minimizar o impacto ambiental do projecto, o Governo Português fez um acordo com a União Europeia para estabelecer essa zona como área natural protegida.  Por seu lado, a Lusoponte implementou um programa de recuperação das salinas que incluiu a reparação de 43 comportas, de edifícios diversos e de diques assim como a limpeza geral de salinas, caminhos e valas.

A capela de Nossa Senhora da Conceição dos Matos, uma capela do século XV situada entre Alcochete e o Samouco, a cerca de 200 metros da ponte, foi também restaurada e exibe hoje a glória de antigamente.  Durante os trabalhos de renovação da capela foram descobertos importantes azulejos e artefactos, incluindo uma medalha de bronze com a imagem de um santo gravada que data do século XVII.  Foi ainda descoberto um fresco decorativo do século XVIII, pintado no arco de uma janela gótica, que tinha permanecido tapado desde as obras realizadas no Séc. XIX.

As escavações arqueológicas feitas junto à área de serviço da ponte conduziram à descoberta de uma estação do Paleolítico Médio, considerada de excepcional interesse devido aos numerosos artefactos e utensílios do homem de Neanderthal.

As medidas de minimização dos níveis de ruído e da poluição atmosférica incluem barreiras acústicas integradas na paisagem.  Também foram tomadas providências para a recolha e controlo das águas pluviais que escoam do Viaduto Sul na zona das Salinas do Samouco.

O aspecto ambiental do projecto criou um interesse generalizado que tem sido esclarecido através de um boletim informativo, periodicamente publicado pelo CEMA, e que é enviado às escolas, universidades, municípios, e outras organizações interessadas.

No que diz respeito aos aspectos sócio-económicos, a LUSOPONTE levou a cabo uma gestão cuidada do programa de expropriações e realojamentos, sendo a primeira vez que este processo, normalmente levado a cabo por entidades públicas, foi incumbido a uma empresa do sector privado.  Esse programa levou a significativos melhoramentos das condições de vida de mais de 1000 habitantes.

Cerca de 300 famílias portuguesas, residentes em barracas degradadas sem condições mínimas de higiene, foram realojadas em apartamentos construídos pela LUSOPONTE, no novo complexo da Quinta da Vitória, ou indemnizadas.

A LUSOPONTE também financiou por 70.000 Contos a construção de um novo e espaçoso centro de dia para idosos, em Moscavide que substituiu um edifício em más condições e insuficientemente equipado, que foi demolido.  As novas instalações incluem agora biblioteca, sala de convívio, cantina, clinica médica e lavandaria.

Foi ainda construída uma nova escola primária na Portela com salas de aula modernas, ginásio e áreas de recreio, em substituição da escola demolida no acesso à Praça José Queirós.  Outra escola primária de Moscavide foi remodelada.